Tout comme la Z1, la Z900RS SE possède un moteur à quatre cylindres en ligne de 948cc, qui offre un très bon équilibre entre puissance et maniabilité, principalement musclé aux bas et mi régime. Conçu pour délivrer d’incroyables accélérations, il donne au motard une sensation de connexion instantanée entre l’accélérateur et la roue arrière.