Pour rehausser d'un cran le freinage déjà formidable de la Z1000, la Z1000 R Edition se dote d’organes de frein Brembo identiques à ceux de la Ninja H2R, les meilleurs actuellement disponibles sur le marché pour un modèle de série. D’un fonctionnement ultra précis, ils appliquent une force linéaire qui contribue à l’excellente maîtrise du freinage.